Dépôt légal des données brutes de biodiversité

Le téléversement des données est une obligation légale pour tous les acteurs de la biodiversité aujourd’hui. La loi prévoit que les maîtres d'ouvrage, publics ou privés, contribuent à l'inventaire par la saisie ou, à défaut, par le versement "des données brutes de biodiversité" acquises à l'occasion des études d'évaluation préalable ou de suivi des impacts réalisés dans le cadre de l'élaboration des documents de planification ainsi que des projets d'aménagement soumis à autorisation.

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D’un point de vue technique, les maîtres d’ouvrage et les bureaux d’études doivent donc être en mesure de téléverser leurs données brutes, notamment dans le cadre d’études d’impact. Mais pas de panique, nous sommes là !

Qu'est ce que le téléversement des données brutes de biodiversité

Il consiste à « verser » (transmettre au moyen d’un téléservice) des données brutes (d’occurrences) de biodiversité, générées lors de campagnes de collectes publiques ou privées, dans le SINP (Système d’Information sur la Nature et les Paysages) - via la plate-forme GINCO (Gestion d’Information Naturaliste Collaborative et Ouverte). Pour que le téléversement soit validé (= le maître d’ouvrage obtient un certificat de conformité de jeux de données), les données doivent au préalable être formatées/normalisées selon un standard national précis (« occurrences de taxons »), systématique et rigide, défini et requis par le SINP : chaque occurrence (observation) contenu dans le jeux de données brutes soumis au SINP doit contenir des éléments obligatoires (et facultatifs) normalisés relatifs à l’observation et l’identification du taxon ainsi qu’à son regroupement et rattachement géographique. Les informations liées au taxon lui-même (attributs taxonomiques) doivent faire référence à TAXREF (référentiel taxonomique national). D’autres référentiels tels que TAXREF devront être utilisés (certains ne sont pas encore disponibles) pour renseigner les attributs liés au regroupement, attachement géographique... Le fichier final à téléverser est constitué des observations (taxons) en lignes et des éléments requis par le SINP en colonnes au format .csv ou .txt.

Potentiellement, le fichier final peut comporter énormément de colonnes (=attributs) avec pour chacune d’elles un format très précis pour respecter le standard SINP. A minima, pour être conforme, le fichier devra contenir une vingtaine de colonnes obligatoires, probablement un peu plus en fonction des attributs obligatoires conditionnels (ex : champs à remplir obligatoirement si un autre champ est rempli).

Enfin, au jeu de données brutes d’occurrences à téléverser sur la plate-forme GINCO doivent être obligatoirement associées des métadonnées, c’est à dire des renseignements sur le jeu de données lui-même. Ces métadonnées obéissent également à un standard rigoureux défini par le SINP. C’est le maître d’ouvrage qui renseigne ces données au préalable (avant d’utiliser la plate-forme GINCO) en remplissant des formulaires dans la plate-forme de métadonnées (étape 2 ; voir la partie « quel processus pour le maître d’ouvrage lors d’une projet ? »).

Pourquoi le téléversement est obligatoire

Pour homogénéiser la qualité des données de biodiversité ! La tâche est gigantesque et ambitieuse, essayez d’imaginer la disparité et quantité astronomique d’observations passées et à venir, réalisées partout dans le monde ! Et tout cela dans le cadre d’une connaissance scientifique toujours en mouvement, en particulier concernant la classification du vivant (nomenclature et taxonomie).


Au niveau national, la procédure de téléversement va maintenant permettre d’avoir un point d’entrée unique des données brutes de biodiversité : le SINP reçoit les données brutes et les filtre  sur la base de leur qualité (vérification de la conformité, cohérence et validité scientifique des observations). Le téléversement intervient sur les étapes de conformité et de cohérence. Si la qualité des données brutes est validée par le SINP, celles-ci sont transmises à l’INPN pour diffusion.

Quel processus pour le maître d'ouvrage lors d'un projet?

Le processus va être assez fastidieux et complexe pour les maîtres d’ouvrage et bureaux d’étude. Il va s’articuler autour de 4 grandes étapes, chacune réalisée sur une plate-forme web différente : déclarer (demarches-simplifiees.fr), décrire (plate-forme métadonnées INPN), saisir (plate-forme Geonature), verser (plate-forme Ginco). Pour accéder aux plates-formes des 3 dernières étapes, un login commun INPN a été mis en place pour simplifier les démarches (par contre la connexion à demarches-simplifiees.fr est indépendante des 3 autres étapes). Pour obtenir ce login INPN il faut se créer un compte INPN :

https://preprod-inpn.mnhn.fr/auth/login?locale=fr


Déclarer (Etape 1)

Il s’agit de déclarer le dossier sur demarches-simplifiees.fr. Le pétitionnaire remplit une dizaine de champs (coordonnées, objet de son dossier, …). Lorsque les champs sont renseignés, il est dirigé vers l’outil de gestion des métadonnées SINP (étape 2). Il est important de se rappeler du login et mot de passe créés pour déclarer le dossier sur demarches-simplifiee.fr puisqu’à la fin du projet il faudra se reconnecter pour renseigner un lien URL (vers les données téléversées) obtenu lors de l’étape 4.


Décrire (étape 2)

Cette étape est dédiée à la description des métadonnées du projet dans l’application Métadonnées SINP. Il faut d’abord se connecter à l’application avec le login INPN. Il faudra également que le pétitionnaire renseigne un numéro d’identifiant obtenu lors de la première étape pour pouvoir accéder au formulaire de gestion des métadonnées. L’application Métadonnées sera accessible uniquement avec une autorisation d’accès délivrée par le SINP  (demande d’accès par mail à sinp-data@mnhn.fr).

Lors de cette étape, le pétitionnaire devra renseigner des métadonnées pour chaque jeu de données de son projet/dossier. Pour chaque jeu de données, il faut d’abord remplir les informations relatives au cadre d’acquisition du jeu des données. Une fois le cadre renseigné, le pétitionnaire renseigne les informations sur le jeu de données lui-même. Concernant le cadre d’acquisition des données, les données obligatoires sont le libellé du cadre d’acquisition, le volet SINP (domaine du dispositif de collecte), l’identité du maître d’ouvrage, maître d’œuvre et financeur. Les informations sur le jeu de données sont le libellé du jeu de données, le ou les producteurs du jeu de données, le ou les fournisseurs du jeu de données,

Attention, les informations à fournir lors de cette étapes sur la plate-forme métadonnées obéissent également à des règles précises pour respecter un standard métadonnées du SINP. Les renseignements nécessaires sur le formatage des informations à fournir à cette étape par le maître d’ouvrage sont disponibles sur le document « métadonnées du SINP – version 1.3.8 - finale » : http://standards-sinp.mnhn.fr/metadonnees-1-3-8.

Avec le remplissage de ces informations, le maître d’œuvre obtient l’identifiant du cadre d’acquisition, l’identifiant SINP et l’identifiant du jeu de données. Ces identifiants sont attribués automatiquement par l’application (lors de l’enregistrement pour l’identifiant du jeu de données). Ils seront indispensables pour les étapes suivantes, notamment pour le versement des données brutes d’occurrence. Sans cette étape 2 de description/déclaration des métadonnées, il sera impossible de réaliser les étapes suivantes concernant le dépôt des données brutes d’occurrences.

Pour une documentation détaillée sur cette étape : http://standards-sinp.mnhn.fr/metadonnees-1-3-8/
 

Saisir (étape 3)

Cette étape est théoriquement facultative. Elle consiste en l’utilisation de la plate-forme web Géonature pour saisir les données brutes d’occurrences et obtenir le .csv formaté au standard SINP grâce à une option d’export disponible dans Géonature. En langage SINP, le maître d’ouvrage doit convertir ses DS (données sources) en DEE (données élémentaires d’échanges). Les DEE sont donc des DS formatées au standard SINP.

Si le maître d’ouvrage choisit d’utiliser la plate-forme Géonature pour convertir ses DS en DEE, il doit le faire pour chaque occurrence une à une en remplissant chaque attribut dans un formulaire. A la fin, il peut exporter un .csv au standard occurrences de taxons du SINP. A noter que la maître d’ouvrage a la possibilité de ne pas passer par la plate-forme Geonature mais il doit pour cela transformer ses données lui-même en respectant le standard SINP et pour cela maîtriser la grande quantité de documentation concernant ce standard.

Pour éviter ces contraintes, le maître d’ouvrage peut utiliser l’application EcoRelevé :

- solution 1 - directement sur le terrain : les personnes qui effectuent les observations enregistrent leurs données (=DS) directement dans ecoRelevé. Il n’y a plus à se soucier du standard SINP puisqu’à la fin de la campagne de collecte de données un fichier .csv au standard SINP est obtenu en seul clic !

- solution 2 - après le terrain : le maître d’ouvrage importe son jeu de données (par exemple un fichier Excel) dans ecoRelevé puis la conversion en fichier .csv au standard SINP est effectuée (instantanément pour toutes les occurrences). Cette solution peut potentiellement se révéler un peu plus longue que la solution 1 puisque si le jeu de données importé ne contient pas toutes les données nécessaires, le maître d’ouvrage devra corriger les erreurs (en étant guidé par notre application).

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Illustration : Les différentes possibilités du maître d'ouvrage pour convertir ses données d'occurrences de terrain (DS) au format .csv standard SINP (DEE).

En haut, le maître d’ouvrage doit transcrire ses DS en DEE en passant par la plate-forme Geonature : il doit le faire pour chaque occurrence une à une et remplir chaque attribut dans un formulaire. A la fin, il peut exporter un .csv au standard occurrences de taxons du SINP. A noter que la maître d’ouvrage a la possibilité de ne pas passer par la plate-forme Geonature mais il doit pour cela transformer ses données lui-même en respectant le standard SINP et pour cela maîtriser la grande quantité de documentation concernant ce standard.

Au milieu et en bas sont les deux solutions fournies par l’application ecoRelevé :

- au milieu, les DS sont directement saisies sur le terrain avec l’application ecoRelevé : il n’y a plus à se soucier du standard SINP : à la fin de la campagne de collecte de données il exporte en un clic son fichier .csv au format standard SINP.

- en bas, les DS ont été collectées sur le terrain indépendamment d’ecoRelevé (ex : tableur en csv ou xls). Le maître d’ouvrage importe ses données sur ecoRelevé et l’application s’occupe de faire la conversion au format standard SINP.


Verser (étape 4)

C’est l’étape du versement des données proprement dit. Le maître d’ouvrage doit se connecter sur la plate-forme GINCO avec ses identifiants INPN.

Ensuite, pour déposer son ou ses jeux de données d’occurrences .csv, il faut cliquer sur « créer un jeu de données » dans un des menus déroulants qui sera disponible prochainement. Il faut ensuite renseigner un identifiant obtenu à l’étape 1 puis sélectionner le jeu de données décrit à l’étape 2. Il faut ensuite préciser l’organisme producteur de jeu de données. Ensuite, il faut importer le .csv formaté au standard SINP.

La plate-forme génère le versement automatiquement après importation du fichier csv. S’il n’y a aucun problème, un certificat de conformité est délivré. Sinon, un pdf “Rapport de conformité et cohérence” sera généré pour lister les erreurs présentes dans le fichier.

Une fois le versement des données effectué et validé sur la plate-forme GINCO, il faut procéder au dépôt légal des jeux de données en cliquant sur le bouton « dépôt légal ». Une fois le dépôt légal effectué, il n’y a plus possibilité d’apporter de modification, ajout ou suppression aux jeux de données. Une lien URL vers les données de biodiversité téléversées est fournit à l’utilisateur.

Une fois le dépôt légal effectué, la dernière étape pour le maître d’ouvrage est de se reconnecter à demarche.simplifiée.fr pour fournir ce lien URL vers les données de biodiversité versées.

Grâce à ecoReleve, vous pouvez créer votre protocole et saisir vos données pour les exporter dans un format SINP.

Contactez-nous pour en savoir plus :

Quelques éléments de vocabulaire spécifique :

- données brutes de biodiversité : observation de taxons, d’habitats d’espèces ou d’habitats naturels, recueillies par observation directe, par bibliographie ou par acquisition de données auprès d’organismes détenant des données existantes. (article 7 de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages)

- définition d'une occurrence de taxon : c'est l'observation ou non-observation d’un taxon, à une localisation, une date données, avec ses observateurs, par des méthodes d’observation directes (de visu) ou indirectes (empreintes, fèces, nid...). Elle peut concerner plusieurs individus d’un même taxon. (Jomier et al., 2018).

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Jomier R., Poncet L., Robert S., Milon T., Archambeau A-S., Pamerlon S., Bourgoin T., De Monicault L., Barneix M., Fromage P., Carpy B., Callou C., Candelier S., Huguet A., Meunier D., Wódka-Gosse A., Grossiord F., Guichard B., Landrieu G., Lafage B., (2018). Standard de données SINP Occurrences de taxons, version 2.0, UMS 2006 "Patrimoine naturel", Paris, 100 pp

Posted on June 7, 2018 .

Randonnée vendôme

Nouvelle randonnée à Vendôme avec ecoBalade

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Sentier numerique

Au cœur de la région Centre-Val de Loire, dans le département du Loir-et-Cher vous attend une balade autour du charmant village de Lavardin. Situé à moins d'une heure de Blois et Tours, à une heure du Mans et seulement quelques kilomètres de Vendôme, venez découvrir le majestueux château de Lavardin, ainsi que la faune et la flore locales. Des lisières de bois aux pelouses calcicoles, des forêts aux bords du Loir, cette randonnée forme une boucle qui allie à la perfection nature et patrimoine. Les magnifiques paysages mettent parfaitement en avant ce lieu chargé d'histoire, pour une balade culturelle dont vous vous souviendrez !

DÉCOUVRIR LA FAUNE & LA FLORE
Ecobalade est une application mobile qui offre une découverte de la faune et de la flore, lors de balades ou de randonnées.

NOUVELLE ACTIVITÉ DE PLEINE NATURE
Téléchargeable gratuitement et utilisable déconnecté, Ecobalade transforme les balades en nouvelle activité de pleine nature, où la biodiversité et le patrimoine sont à la portée de tous.

VALORISER LE TERRITOIRE
Ecobalade a pour objectif la promotion et la valorisation des territoires, via la découverte de leur biodiversité et de leur nature.

SENSIBILISER
A destination des familles, des scolaires, Ecobalade est un outil pédagogique. Elle permet d’aborder les thématiques de la biodiversité, de la protection de l’environnement, de l’éco-citoyenneté…

 

Exemple d'Espèce à découvrir avec ecobalade: Orchis pourpre ou le Chouca des tours