ARBOGEN : un programme inter-territorial pour suivre les épidémies d’arboviroses — et la contribution de Natural Solutions en ingénierie de la donnée
L’augmentation des épidémies de dengue, chikungunya et autres arboviroses constitue un défi majeur pour la santé publique mondiale. Leur présence croissante en Europe, leur diffusion large dans les territoires tropicaux et la diversité des souches virales circulantes demandent une mobilisation scientifique coordonnée.
Pour y répondre, le programme ARBOGEN, soutenu par la fondation MSDAVENIR et coordonné par l’ANRS-MIE, réunit les expertises de l’INSERM, l’IRD, des Instituts Pasteur (Guyane, Nouvelle-Calédonie, Paris), des centres hospitaliers, des universités et du réseau Arbo-France. Cette initiative nationale rassemble virologues, entomologistes, cliniciens et spécialistes des données en métropole et dans les territoires ultra-marins afin de mieux comprendre l’évolution des virus et les interactions hôte-pathogène.
Depuis deux ans, en collaboration étroite avec Aix-Marseille université, l'Inserm et l'ANRS-MIE, et grâce au partenariat avec l'UMS Emergen et à la contribution au projet Emergen 2.0, Natural Solutions contribue à ce programme en apportant un savoir-faire essentiel : la maîtrise de l’acquisition, de la structuration, de la normalisation et de la qualité des données, ainsi que la mise en place d’outils d’analyse modulaires qui permettent aux équipes de recherche de travailler de manière cohérente et reproductible.
Ces briques techniques, souvent discrètes, sont pourtant indispensables au bon fonctionnement d’un consortium de cette ampleur.
1. Mieux comprendre la diversité génétique des virus
Les partenaires scientifiques séquencent massivement des génomes des virus de la dengue, chikungunya et d’autres arbovirus afin de suivre l’évolution des lignages au niveau mondial et identifier les variants émergents.
Natural Solutions intervient précisément dans la chaîne permettant de manipuler et d’analyser ces données :
structuration de formats d’entrée homogènes,
contrôle qualité automatisé,
intégration de métadonnées standardisées,
outils d’analyse modulaires permettant aux chercheurs d’exécuter des traitements comparables, reproductibles et documentés.
2. Une plateforme nationale au service de la recherche
Le programme ARBOGEN repose sur un objectif clé : mettre à disposition une infrastructure de données fiable, homogène et pérenne.
La plateforme est accessible ici :
https://arbogen.emergen-data.fr
Natural Solutions y contribue en développant :
des pipelines robustes pour intégrer et harmoniser les données,
des outils d’analyse modulables, configurables selon les besoins des laboratoires,
des mécanismes de vérification et de traçabilité garantissant la qualité de l’information scientifique,
une architecture permettant d’accueillir des données hétérogènes sans compromettre leur cohérence.
En d’autres termes, nous assurons que les chercheurs disposent d’une base solide, fiable et exploitable, condition indispensable pour produire des analyses comparables au sein d’un consortium national.
Conclusion
ARBOGEN représente une avancée majeure pour la recherche française sur les arboviroses. En réunissant des équipes scientifiques d’excellence et en s’appuyant sur une infrastructure de données robuste, le programme contribue à mieux suivre et anticiper les épidémies à venir.
Natural Solutions est fière d’apporter son expertise en bioinformatique et en ingénierie de la donnée à un projet qui éclaire, au quotidien, la compréhension de virus responsables de millions de cas chaque année.
