Introduction

Une bactérie retrouvée chez un patient, dans un élevage et une rivière voisine. Trois lieux, trois équipes et donc trois bases de données distinctes. Le médecin n’a pas accès aux analyses du vétérinaire. L’écologue ignore les deux et pourtant, ces informations sont liées !

La santé humaine, la santé animale et la santé des écosystèmes sont liées : c’est l’approche One Health. Les disciplines qui les étudient sont pourtant souvent cloisonnées et les données qu’elles récoltent le sont aussi.

Cet article défend une idée simple : décloisonner les différents domaines de la santé passe par une remise en question des données et des outils : sans données partageables, One Health reste un beau principe.

Comprendre One Health, une seule santé pour le vivant

One Health, ou « une seule santé », part d’un constat selon lequel la santé des humains, des animaux et des écosystèmes sont interdépendantes.

Comme le définit le groupe d’expert OHHLEP, One Health est une approche intégrée, qui consiste à faire travailler les différents domaines de la santé ensemble afin d’optimiser la santé globale de manière durable. Si la santé d’un secteur a un impact sur les autres, nous devons pouvoir les traiter ensemble plutôt que séparément.

Plusieurs enjeux

Les enjeux sont multiples et liés entre eux. Les zoonoses : une majorité des maladies infectieuses émergentes qui viennent des animaux, ainsi que l'antibiorésistance : les bactéries résistantes aux antibiotiques qui circulent entre hôpitaux, élevages et milieux naturels. L'érosion de la biodiversité appauvrit les écosystèmes, qui régulent alors moins bien les pathogènes. Enfin, le changement climatique déplace les vecteurs, comme les moustiques et les tiques, vers de nouvelles régions.

Et la santé planétaire ? Elle étudie comment les grands équilibres de la Terre (climat, eau, alimentation) conditionnent la santé humaine. One Health part du terrain et des pathogènes partagés, la santé planétaire donne la vue d'ensemble : les deux se complètent.

Santé et biodiversité : un même terrain, des données dispersées

Les pathogènes ne s'arrêtent pas aux frontières des disciplines : ils circulent entre patients, animaux et milieux naturels. C'est pourquoi santé et biodiversité doivent être étudiées ensemble. Mais chaque milieu est suivi par une équipe différente, avec ses propres données, et c'est là que surgissent les défis du numérique. L'exemple suivant montre les deux faces du problème.

Un exemple : une bactérie, des patients, des chiens et des parcs

Clostridioides difficile est une bactérie connue pour provoquer des diarrhées après une prise d'antibiotiques. On l'associe surtout à l'hôpital. Pourtant, les cas contractés en dehors de l'hôpital augmentent.

Une étude publiée en 2026 présente le travail d’une équipe japonaise, qui a cherché d'où venait la bactérie chez les patients infectés hors de l'hôpital1 (Yoshizawa et al., Applied and Environmental Microbiology). 401 échantillons ont été analysés : selles de patients, d'animaux d'élevage, de compagnie et sauvages, et sols de parcs publics.

Les résultats sont parlants. La bactérie a été isolée dans 51 % des échantillons de sol et 30 % de ceux des animaux de compagnie. Le séquençage du génome a révélé des souches très proches entre un patient et le sol d'un parc, et entre un chien et le sol d'un autre parc.

Les auteurs restent prudents : l'étude ne dit pas qui contamine qui. Elle montre que des réservoirs environnementaux relient humains, animaux et sols. Pour le comprendre, il a fallu réunir des échantillons et des données venant de la santé humaine, de la santé animale et de l'environnement, qui d'ordinaire ne se croisent pas.

Le vrai enjeu : faire travailler des équipes et des données différentes ensemble

Une démarche One Health mobilise des vétérinaires, des médecins, des écologues, des gestionnaires de territoire et des chercheurs. Chacun a ses méthodes, son vocabulaire et ses outils. Et chacun produit des données dans son propre format.

Les points de friction

Sur le terrain, les mêmes points de friction réapparaissent :

Des formats hétérogènes : tableurs, bases métiers, fichiers géographiques, résultats de laboratoire.

Une qualité inégale : saisies incomplètes, identifications incertaines, doublons.

Des métadonnées manquantes : unités, protocoles, dates ou coordonnées absentes.

Un partage difficile entre structures : droits d'accès, confidentialité, absence d'outil commun.

Un contexte perdu : qui a collecté la donnée, comment, et dans quel but ? Sans cette information, une donnée devient plus compliquée à utiliser.

Plus les données circulent, plus la surveillance intégrée est possible.

La contribution numérique à la recherche

Le contexte : mieux suivre la dengue et le chikungunya

La dengue, le chikungunya et les autres arboviroses sont des maladies transmises par des moustiques. Elles progressent en Europe, circulent largement dans les régions tropicales et évoluent en nouveaux variants. Ce sont des sujets One Health par excellence : un virus, un insecte vecteur, des hôtes humains et un environnement qui change.

Partager les données du vivant : ALI Species

ALI Species relie ces savoirs dans un graphe de connaissances du vivant. Pour les espèces de France, il rassemble la taxonomie, les statuts de conservation, les habitats, les traits biologiques, les interactions entre espèces (prédation, pollinisation, parasitisme) et les maladies associées. Chaque information renvoie à sa source d'origine pour plus de fiabilité.

Partager une donnée, c'est lui permettre de servir à d'autres que ceux qui l'ont produite. Prenons le moustique tigre, une espèce introduite en France. Le naturaliste suit sa progression sur le territoire. Le médecin sait qu'il peut transmettre le chikungunya, la dengue ou le Zika. Chacun détient une moitié de l'histoire, rangée dans une base différente : les rapprocher pourrait aider à mieux suivre l’évolution du risque sur le territoire, et ainsi mieux comprendre comment se prémunir du risque sanitaire.

Un exemple : la fiche du moustique tigre dans ALI Species. On y retrouve à la fois ses observations et les maladies dont il est un vecteur documenté, avec leurs sources (OMS). Détail révélateur : le référentiel français TAXREF le nomme Stegomyia albopicta, quand la base internationale du NCBI l'appelle Aedes albopictus. Sans identifiants partagés, ces deux noms pourraient passer pour deux espèces différentes. ALI Species les relie, comme il relie le chikungunya à son identifiant dans l'ontologie MONDO et le moustique à la taxonomie du NCBI.

C'est tout l'intérêt du partage : grâce à ces identifiants communs, une donnée naturaliste et une donnée de santé peuvent se rencontrer, sans ressaisie ni ambiguïté. Les équipes gagnent du temps, et chaque information reste vérifiable.

Pourquoi n'est-ce pas si simple ? Parce qu'une donnée ne se partage bien que si elle est structurée : un format commun, des contrôles de qualité, des métadonnées qui disent d'où elle vient. Sans ce travail invisible, les bases ne peuvent pas se parler. C'est là que Natural Solutions apporte sa contribution.

En rapprochant les connaissances sur le vivant, ALI Species met en lumière les liens interespèces. Mais notre contribution à la recherche ne s’arrête pas là : Natural Solutions a également participé à ARBOGEN, un projet qui permet à des équipes de structurer, d’analyser et de partager des données virologiques.

Les besoins des scientifiques : des données comparables et fiables

Les partenaires d'ARBOGEN séquencent un grand nombre de génomes de virus. Ces données permettent de suivre les lignées virales, de comprendre leur évolution et de repérer les variants émergents.

Mais le séquençage n'est qu'un début. Les données arrivent de nombreuses équipes et de plusieurs territoires. Avant de pouvoir les comparer, il faut les structurer, les documenter, les contrôler et les harmoniser. On retrouve ici toutes les frictions décrites plus haut.

Ce que permet la plateforme ARBOGEN

Depuis deux ans, Natural Solutions contribue au projet, en lien étroit avec Aix-Marseille Université, l'Inserm et l'ANRS-MIE, via son partenariat avec l'UMS Emergen et le projet Emergen 2.0. Notre rôle : transformer des données biologiques complexes et hétérogènes en informations fiables, structurées et réutilisables.

La plateforme ARBOGEN vise à offrir à la communauté scientifique une infrastructure de données fiable, standardisée et durable. Concrètement, Natural Solutions y a apporté :

Des formats standardisés et des chaînes de traitement qui intègrent et harmonisent des données issues de sources multiples ;

Des contrôles qualité automatisés, qui repèrent les erreurs dès l’arrivée des données, avant qu’elles ne faussent les analyses ;

Des métadonnées structurées et une traçabilité tout au long du processus ;

Des outils d’analyse modulaires, adaptables à chaque laboratoire, pour des traitements documentés et reproductibles.

Résultat : les équipes du consortium travaillent sur des données comparables, avec des méthodes reproductibles.

Ce que l'on en retient

Le défi n'est pas de stocker plus, mais de stocker mieux. Une donnée a d’autant plus de valeur si elle est fiable, interopérable et prête à l'analyse.
La traçabilité est une condition de la confiance. Savoir d'où vient une donnée et ce qu'elle a subi permet de faciliter sa réutilisation par d’autres équipes.
L'ingénierie des données est devenue une brique de la recherche. Elle travaille en coulisses, mais c’est elle qui permet à un consortium de cette taille de tirer pleinement parti de ses données.

Mettre en œuvre One Health

One Health n'est pas réservé aux grandes institutions. Toute organisation qui produit des données sur le vivant peut s'en rapprocher. Trois leviers font la différence :

Des données interopérables

Une donnée utile aujourd'hui doit rester réutilisable demain, par une autre équipe. Cela suppose de s'appuyer sur des standards reconnus : Darwin Core pour les observations naturalistes, normes géographiques pour la cartographie. Cela suppose aussi des métadonnées complètes et une documentation claire des protocoles. Les principes FAIR résument cet objectif : des données faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables.

Des outils numériques adaptés

Chaque étape demande son outil :

Sur le terrain, des applications de saisie qui fonctionnent hors connexion et guident l'observateur, pour limiter les erreurs à la source ;

Pour partager, des plateformes qui centralisent les données et gèrent les droits d'accès entre partenaires ;

Pour comprendre, de la cartographie qui superpose observations naturalistes, données sanitaires et données environnementales.

L'enjeu est que ces outils se parlent, plutôt que de multiplier les silos.

Une collaboration entre équipes

Un projet One Health réunit des profils qui n'ont pas l'habitude de travailler ensemble : santé, écologie, SIG, science des données. Un même mot peut y avoir plusieurs sens. « Échantillon » ou « site » ne désignent pas la même chose pour un virologue et pour un naturaliste.

Les bonnes pratiques sont simples : construire tôt un vocabulaire commun, définir ensemble les formats de données, et prévoir un rôle de traducteur entre métiers. C'est souvent le rôle des équipes de données.

ARBOGEN, dans la continuité de notre métier

Pour Natural Solutions, ARBOGEN n'est pas un virage. C'est le prolongement d'un savoir-faire construit depuis des années sur les données naturalistes : outils de suivi de terrain, plateformes de gestion de la biodiversité, sciences participatives.

Qu'il s'agisse d'une observation d'oiseau ou d'un génome de virus, le défi reste le même : collecter proprement, documenter, contrôler, partager. La santé rejoint ainsi naturellement notre expertise, à la croisée de l'écologie et de l'ingénierie des données.

Conclusion

One Health a besoin de données partageables autant que d'actions de terrain. Vacciner des chiens, surveiller des moustiques ou analyser des sols a d’autant plus de sens si les résultats peuvent être croisés, compris et réutilisés par d'autres.

C'est là que le numérique devient un allié de la santé, et non un obstacle.

Vous portez un projet où santé et biodiversité se croisent ? Parlons-en avec notre équipe.